Čistírna odpadních vod je nedílnou součástí každé chemičky. V případě Lovochemie se začala budovat v 60. letech minulého století a do trvalého provozu byla uvedena v roce 1964. Aby mohla spolehlivě fungovat až dodnes, bylo třeba provést řadu investičních akcí. Díky modernímu řídicímu systému je celá řada procesů plně automatizována a na její obsluhu dnes stačí dva pracovníci. Samozřejmostí je automatické dávkování neutralizačních činidel, které plynule reaguje na informace z měřicích sond. Čistírna obsahuje i systém online monitoringu koncentrace anorganického dusíku, protože Lovochemie vyrábí dusíkatá hnojiva, a právě anorganický dusík je tak nejdůležitějším ukazatelem znečištění v odpadních vodách. Jen za posledních patnáct let investovala chemička do oblasti ochrany vod řádově desítky milionů korun.
Dnes je to špičková chemická neutralizačně- -sedimentační čistírna, která zpracovává anorganické odpadní vody z celého podniku. Na rozdíl od běžných komunálních čistíren zde neprobíhají žádné biologické procesy. Hlavním cílem čistírny je neutralizace chemicky znečištěných odpadních vod, aby byly splněny všechny legislativní požadavky v oblasti ochrany vod a dopad na životní prostředí byl co nejmenší. Odsazený kal je odčerpáván ze sedimentačních nádrží do nádrží zahušťovacích a následně je odlisován do podoby kalových výlisků.
